Kabupaten Malinau merupakan salah satu daerah hasil pemekaran wilayah Kabupaten Bulungan berdasarkan Undang-Undang Nomor 47 Tahun 1999.
Pada awalnya Malinau adalah sebuah kawasan pemukiman yang semula dihuni suku Tidung. Daerah ini selanjutnya menjadi kampung, berubah menjadi kecamatan. Kini Malinau menjadi ibukota kabupaten.
Berdasarkan keterangan tokoh masyarakat suku Tidung, asal mula timbulnya atau disebutnya nama Malinau saat kedatangan orang-orang Belanda ke pemukiman yang dulunya bernama Desa Selamban. Di Desa Selamban tinggal penduduk dari kalangan keluarga Suku Tidung. Sedangkan di seberang sungai terdapat Desa Pelita Kanaan, yang terletak di tepi sungai Kabiran tempat bermukimnya Suku Abai.
